Pri ponovnem endodontskem zdravljenju kakor pri primarnem zdravljenju naredimo dostop do pulpne komore ter poiščemo že polnjene koreninske kanale. Dostop lahko naredimo preko zalivke ali protetične prevleke. Včasih pa je potrebno zalivko ali protetično prevleko v celoti odstraniti. V kolikor je bil zob oskrbljen z zatičkom z nazidkom, je potrebno le-tega odstraniti iz koreninskega kanala.
Nato sledi odstranjevenje polnilnega materiala iz koreninskih kanalov ter natančen pregled koreninskih kanalov, saj poskušamo ugotoviti vzrok za neuspeh primarnega koreninskega zdravljenja (neodkrit koreninski kanal, neustrezno očiščen koreninski kanal, predrtje/poka korenine).
Odstranjevanje polnilnega materiala iz koreninskih kanalov je včasih zahtevno in zamudno delo, saj ga nemalokrat spremljajo iatrogene komplikacije, ki so nastale pri primarnem zdravljenju (stopnice v koreninskem kanalu, predrtja korenin, zalomljeni inštrumenti) ter okužba z rezistentnejšimi bakterijskimi sevi. Zaradi vsega naštetega je ponovno endodontsko zdravljenje tako časovno kot stroškovno zahtevnejše kakor primarno koreninsko zdravljenje.
Pa vendarle predstavlja ohranjanje lastnega naravnega zoba najboljšo alternativo.
Včasih tudi ponovno endodotsko zdravljenje ni uspešno.
Na podlagi klinične in RTG slike, se odločimo, ali za kirurških poseg – apikotomijo ali hemisekcijo korenin; včasih pa je potrebno zob ekstrahirati (izpuliti).